460 papers
RegEvol is een nieuw raamwerk dat machine learning-voorspellingen van transcriptiefactorbinding koppelt aan evolutionaire modellen om gerichte selectie in niet-coderende regulatorische sequenties te detecteren, waardoor voor het eerst kwantitatief kan worden vastgesteld welke DNA-regio's onder adaptieve druk staan.
Uit onderzoek met hoogwaardige video-opnames blijkt dat staartflair bij kolibries tijdens mannelijke gevechten dient als een agonistisch signaal van agressieve intentie, waarbij de hoek van de staartflair significant groter is dan bij vliegbewegingen zoals landen of opstijgen.
Onderzoek met een gereconstrueerde voorouderlijke enzymvariant toont aan dat het beperken van de aminozuurrepertoire de katalytische functie kan herschikken, waardoor een alternatieve fosforyltransferreactie ontstaat die ADP omzet in ATP en AMP via een niet-kanaal actief centrum.
Dit artikel presenteert een algemeen evolutionair model, gebaseerd op hiërarchische genregulatienetwerken en populatiegenetische simulaties, dat verklaart hoe selectie en ontwikkelingsbeperkingen samenwerken om de opkomst van nieuwe kenmerken uit seriële homologen te sturen.
Dit onderzoek betwist de heersende theorie over de kolonisatie van de Amerika's door aan te tonen dat mensen al voor het Laatste Glaciale Maximum arriveerden en dat de daaropvolgende bevolkingsexpansies vanuit Zuid-Amerika plaatsvonden in plaats van vanuit Noord-Amerika.
Dit onderzoek toont aan dat multicellulariteit in gist kan worden geselecteerd als een 'passagiersfenotype' dat in stand wordt gehouden door genetische beperkingen in de G1/S-overgang van de celcyclus, en niet vanwege een direct selectievoordeel van het multicellulaire zelf.
Dit onderzoek toont aan dat Mülleriaanse mimicry bij Heliconius-vlinders niet bestaat uit discrete ringen, maar een ruimtelijk dynamisch en waarneembaar gestructureerd continuüm is dat wordt gevormd door lokale convergentie en de perceptuele systemen van zowel roofdieren als vlinders.
Dit onderzoek toont aan dat cytoplasmatische mannelijke steriliteit in de zoetwaterslak *Physa acuta* gepaard gaat met een verminderde werking van mitochondriaal complex I in steriele individuen, terwijl herstelde individuen ondanks intacte complex I-functie te maken hebben met een hogere energiekost door protonlek en een grotere bijdrage van anaerobe metabolisme.
SplitAligner is een nieuw raamwerk dat een gestandaardiseerde methode biedt om takken in een vaste soortstamboom te vergelijken over duizenden genen, door onderscheid te maken tussen ontbrekende data door onvolledige taxonafdekking en door topologische discordantie, en zo een coördinatenstelsel creëert voor betrouwbare tak-specifieke evolutionaire analyses.
Dit artikel introduceert een 'phylogenetic occupancy model' dat ecologische en evolutionaire modellen combineert om in onvolledige genoomdata onderscheid te maken tussen ware genafwezigheid en niet-ontdekking, waardoor de nauwkeurigheid van core-genoominferentie en stamboomreconstructie aanzienlijk verbetert.
Onderzoek aan *Caenorhabditis elegans* toont aan dat de verdediging tegen parasieten sterk correleert met de voortplantingstiming en niet met weerstand, wat suggereert dat levensgeschiedenistrekken sneller zullen evolueren als reactie op parasitaire selectie.
Dit onderzoek toont aan dat geslachtsgebonden genexpressie in de volwassen Drosophila-sessuele circuits beperkt, celtype-specifiek en grotendeels soortspecifiek is, waarbij de evolutie van geslachtspecifieke aanpassingen plaatsvindt via geselecteerde genprogramma's op lokale circuitknopen die de evolutie van deze gedeelde circuits mogelijk maken ondanks een brede transcriptomische koppeling tussen de geslachten.
Dit onderzoek onthult hoe ecologische veranderingen, veroorzaakt door klimatische gebeurtenissen, de stapsgewijze co-optatie van genregulerende netwerken hebben gedreven die leidden tot de evolutie en complexiteit van het prothoracale ademhalingsorgaan bij vliegen.
Dit onderzoek toont aan dat zowel directe selectie door visserij als indirecte selectie door veranderingen in de gemeenschapsstructuur gezamenlijk de evolutie van lichaamsgrootte in predator-proefsysteem bepalen, waarbij prooien vaak indirect worden beïnvloed en hun evolutie cruciaal kan zijn voor het voorkomen van het uitsterven van roofdieren.
Deze studie toont aan dat evolutie de weerstand van geoogste voedselwebben vaak vergroot, maar dat de uitkomst sterk afhankelijk is van de evolutiesnelheid en de visserijstrategie, waarbij het richten op lagere trofische niveaus de kans op een evolutionaire redding vergroot terwijl het vermijden van predatormortaliteit een instabiele ineenstorting van het netwerk voorkomt.
Deze studie toont aan dat oceanische verzuring, in combinatie met evolutionaire aanpassing, leidt tot een afname van de calcificatie bij coccolithoforen, wat de energieoverdracht in het ecosysteem versterkt maar tegelijkertijd de stabiliteit van de koolstofpomp en de voedselwebintegriteit bedreigt.
Dit onderzoek toont aan dat nieuwe mutaties in niet-coderende regulatorische regio's van het *D. melanogaster*-genoom voornamelijk matig schadelijk zijn en een groter aandeel vormen in zowel schadelijke mutaties als gunstige substituties dan coderende regio's, wat essentieel is voor het nauwkeurig modelleren van achtergrondselectie en het interpreteren van genomische variatie.
Dit artikel presenteert een uitgebreide bioinformatische analyse die concludeert dat GCR1 de enige authentieke G-proteïne gekoppelde receptor is in vaatplanten en bespreekt diens mogelijke rol in wortelharen.
Dit onderzoek toont aan dat pleiotrope genen die zowel het zenuwstelsel als het immuunsysteem van *Drosophila melanogaster* beïnvloeden, langzamere evolutionaire snelheden vertonen, maar dat de associatie met menselijke neurologische ziekten sterker wordt voorspeld door de evolutionaire snelheid dan door de pleiotrope status zelf.
Deze studie onthult dat de koppeling tussen hersenstructuur en -functie bij mensen en makaken evolutionair divergeert, waarbij mensen een hogere koppeling vertonen in prefrontale gebieden geassocieerd met cognitieve complexiteit en een lagere koppeling in taalgebieden, wat wordt ondersteund door mens-specifieke genexpressie in astrocyten en oligodendrocyten die gerelateerd zijn aan synaptische functie en neuropsychiatrische aandoeningen.